Mariagerfjord Kommune har 1.900 søer, som er større end 100 m2. De dækker tilsammen 1.161 ha, hvilket svarer til ca. 1,6 % af kommunens areal.
Gennem årene er mange vandhuller og mindre søer forsvundet, men især i den nordvestlige del af kommunen er der stadig mange småsøer. Blandt kommunens større søer er Glenstrup Sø (384 ha), Madum Sø (204 ha), Klejtrup Sø (133 ha) og Kielstrup Sø (40 ha). Vest for Hobro ligger desuden Fyrkat Engsø (30 ha), som blev genskabt i 2009 i forbindelse med et vådområdeprojekt. Bortset fra Madum Sø er søerne belastet i større elle mindre grad af næringsstoffer fra det omgivende land.
Kjellerup Sø syd for Mariager Fjord er også værd at bemærke, da dens veludviklede hængesæk er et af de få danske voksesteder for den sjældne fedtet krogmos. Nord for Hobro ligger desuden Gandrup og Hvarre Søer, der tidligere var meget renvandede med gode bestande af tvepibet lobelie. En øget næringsbelastning har dog gjort vandet uklart, så bl.a. lobelierne i dag er forsvundet fra søerne.
Kommunen har ca. 1.200 km vandløb, hvoraf de fleste løber ud i Mariager Fjord. Det gælder bl.a. Kastbjerg Å, Onsild Å, Valsgård Bæk, Villestrup Å og Korup Å. Vandløbene er meget forskellige og spænder fra de kraftigt regulerede og menneskeligt påvirkede vandløb som Korup Å til de meget naturnære og dynamiske vandløb som Villestrup Å.
I de vandløb, hvor naturtilstanden er god, er der livskraftige bestande af især havørred, hvilket trækker mange lystfiskere til kommunen, ligesom odder, isfugl og skarv nyder godt af de mange fisk.
Derudover kan damflagermusen, som har sin danske hovedudbredelse i Midt- og Østjylland, ses jagende over både Mariager Fjord og mange af kommunens søer og åer.
