Mariagerfjord Kommunes kyster omfatter Mariager Fjord og Kattegatkysten, som strækker sig nordpå fra fjordens udmunding ved Als Odde til området mellem Øster Hurup og Dokkedal. Det kystnære landskab omkring inderfjorden består af bakkedrag, mens fjordens ydre dele med sine udstrakte sandflader og holme fremstår som et fladt vadehavslandskab.
Langs dele af inderfjorden er der nærmest ingen strandbred, mens kysten andre steder består af flade strandenge. Og selv om kysterne ligger beskyttet, har vekslende vandstande og storme fra vest og øst opbygget små vinkelforlande, der ligger som perler på en snor langs både nord- og sydkysten. Vinkelforlandene dannes, hvor der er et knæk i kystlinjens retning, så hastigheden af sedimenttransporten nedsættes. Da sedimenttransporten er lille, foregår opbygningen kun langsomt. Flere af vinkelforlandene ender i en lille odde, hvilket bl.a. ses syd for Kielstrup Sø, hvor en veludviklet krumodde strækker sig ud i fjorden.
Øst for Mariager har kysten et nærmest parklignende forløb langs Dania, hvor kulturhistorien og områdets tidlige industrialisering falder i ét med naturen. Øst for Hadsund, hvor fjorden er smallest, flader landskabet ud, og fjorden bliver gradvis bredere. Kystlandskabet består her af hævet havbund fra Littorinahavet, som i et sammenhængende område strækker sig helt ud til Kattegat. Visse steder rager bakker som Als Bakke op i landskabet; i stenalderen var de øer i Littorinahavet. Det flade kystlandskab er generelt vandlidende og præget af drængrøfter.
Ude i den lavvandede fjord ligger flere holme og øer. Blandt dem er Treskelbakke Holm, Pletten og Lille Plet, hvor sidstnævnte i dag næsten er vokset sammen med fastlandet. Det salttålende vadegræs, som blev udplantet i 1950’erne og gradvis koloniserede øerne, var med til at forme udviklingen. Både på øerne og de udstrakte vadeflader sker der sedimenttilvækst. Mod Kattegat fremstår kysten fra Als Odde over Helberskov Strand og Als Strand til Øster Hurup som en tilgroningskyst. Her karakteriseres kysten af strandenge, lavt vand og foranliggende barriereødannelser. Øster Hurup Havn blev anlagt som en ø-havn i 1936. Oprindelig førte en bro ud til havnen. Den er senere blevet erstattet af en dæmning, og området syd for havnen er blevet fyldt op. Nord for havnen har den sydgående sedimenttransport aflejret sand og udbygget kysten. Her skifter kysten karakter og bliver en børnevenlig sand-og badestrand.
Det tidevandsprægede havområde nord for fjordens udmunding er især sidst på sommeren en vigtig rasteplads for trækkende vadefugle. Længere ude i Ålborg Bugt og Kattegat er der store forekomster af muslinger på lavt vand, hvilket om vinteren tiltrækker dykænder som ederfugl, sortand, fløjlsand, hvinand og stor skallesluger.
