Klimaet i Mariagerfjord Kommune er især præget af det kuperede terræn i vest, af det fladere landskab langs Mariager Fjord og af kysten ud til Kattegat. Derudover betyder den sandede jordbund, at temperaturerne i dagtimerne og om sommeren er relativt høje, mens nætterne og vintrene generelt er kolde.
Mariagerfjord er en ret kold kommune og er placeret blandt landets ti koldeste. Bortset fra juni og juli er det tilfældet for alle årets måneder. Oktober er den koldeste i landet, selv om det er en rekord, som Mariagerfjord må dele med tre andre kommuner.
Blandt landets kommuner ligger Mariagerfjord i den vådeste halvdel. Den megen nedbør skyldes især højdedragene, som bl.a. omfatter Rold Bavnehøj, der strækker sig ned mod Hobro i kommunens vestlige del. I den centrale og vestlige del af kommunen medfører den sandede jord desuden flere byger om sommeren. Til gengæld er området ud mod Kattegat i kommunens østligste del nedbørsfattigt.
Den tørre og mere skyfri luft, som kommer fra de norske fjelde, giver klart vejr i store dele af Nordjylland. Den skyfrie luft når dog ikke altid helt ned til Mariagerfjord Kommune, som derfor ligger i den solfattigste tredjedel af landets kommuner.
