Den ret lavvandede Hjarbæk Fjord ligger i den inderste del af Limfjorden og udgør med sine 2.468 ha 1,7 % af Limfjordens samlede areal. Foran det kuperede landskab mellem Sundstrup og Knudshoved findes en smal strand med bagvedliggende overdrev og strandenge samt inaktive kystklinter. Øst for Knudshoved ligger Skals, hvor Simested og Skals Åer har deres udløb hhv. nord og syd for byen. Landsbyen Hjarbæk med Hjarbæk Havn ligger på fjordens sydøstkyst. Nordøst for havnen er der strækninger med smalle strande, men ellers er kysten præget af ferske enge og moser. Vest for Hjarbæk har Fiskbæk Å sit udløb, som omgives af moser og enge. Ved Kvols Hage findes også et engområde, og yderst på hagen ses et mindre krumoddesystem. Den vestlige side af Hjarbæk Fjord, fra Kvols Hage til Knudby, er overvejende en tilgroningskyst med ferske enge og moser samt en smule strandeng mod nordvest. Ud for Tårupgård findes dog også en smal strand. Længst mod nordvest danner Jordbro Å grænsen til Skive Kommune. Vandstanden er reguleret af slusen ved Virksund, og kystudviklingen er derfor overvejende biologisk betinget.
Vandtilførslen fra åerne er meget stor, og Hjarbæk Fjord modtager hele 16 % af Limfjordens samlede årlige vandtilførsel. Det meste af kysten er privatejet, men ved bronzealderhøjene Marens Patter syd for Sundstrup findes der også et statsejet areal.
Tidligere var der fri forbindelse til Lovns Bredning, og pga. den store tilstrømning af ferskvand var vandet brakt. For især at forhindre oversvømmelser af de omkringliggende landbrugsarealer blev der i 1966 anlagt en dæmning ved Virksund. I de efterfølgende år var fjorden meget næringsbelastet, hvilket bl.a. resulterede i store forekomster af dansemyg til gene for områdets beboere og turister. I 1991 besluttede det daværende Viborg Amt, at slusen overvejende skulle stå åben. Det har skabt en lagdeling af fjorden med let ferskvand fra åerne ved overfladen og tungt, salt og næringsbelastet bundvand fra Lovns Bredning inden for slusen. Samlet set giver det en meget ringe vandkvalitet med hyppige iltsvind. Da saltholdighed og vandstand reguleres af slusen, betegnes Hjarbæk Fjord i dag som en slusefjord.
Året rundt er Hjarbæk Fjord af stor betydning for fuglelivet og fungerer bl.a. som en vigtig lokalitet, når andefugle og lappedykkere fælder deres svingfjer og derfor ikke er flyvedygtige i 2‑3 uger. Om efteråret og vinteren raster mange tusinde vandfugle på fjorden, og især hvinand, pibeand, gråand, stor skallesluger og blishøne optræder i store flokke foruden bl.a. lille skallesluger, toppet lappedykker, krikand, taffeland og troldand. Knopsvane, sangsvane og grågås findes også i stort antal på enten fjorden eller de omkringliggende marker og enge. Vinteren igennem ses en række forskellige rovfugle ved fjorden, og fx vandrefalk optræderjævnligt over engene. Havørn er også en regelmæssig gæst, og i sensommeren og det tidlige efterår er fiskeørn et hyppigt syn.
Mange store havørreder trækker gennem Hjarbæk Fjord og videre op i åerne for at gyde. Derfor er der forbud mod fiskeri omkring slusen og åmundingerne, ligesom det er forbudt at fiske med garn langs kysten forbi Lynderup. I stedet er der mange spættede sæler, som udnytter slusen, fjorden og endda åerne som et velkomment spisekammer.
Af hensyn til fuglelivet blev Hjarbæk Fjord udlagt som vildtreservat i 1967. Det betyder bl.a., at jagt er forbudt, og der er restriktioner for sejlads. Fjorden indgår desuden i habitatområdet Lovns Bredning, Hjarbæk Fjord og Skals, Simested og Nørre Ådal samt Skravad Bæk samt i fuglebeskyttelsesområdet Hjarbæk Fjord og Simested Å.
Årets fornøjeligste begivenhed på Hjarbæk Fjord er det årlige verdensmesterskab i sjægtesejlads. Limfjordssjægten blev »genopdaget« i forbindelse med DR’s filmatisering af Hans Kirks roman Fiskerne i 1977, og i dag er den lille sejlbåd hjemmehørende i Hjarbæk og i flere andre Limfjordsbyer. En weekend i august mødes sejlerfolket til kapsejlads, og for tilskuerne er det et storslået skue med de mange rustrøde sejl på fjorden.
Der er bademuligheder ved Hjarbæk og Lynderup Strande.
