Holmens Kirkegård, der tidligere var benævnt Skibskirkegården og Bådsmandskirkegården, er en annekskirkegård til Holmens Kirke. Kirken var oprindelig fattigkirkegård, og det er den ældste kirkegård, der endnu er i brug i København.
Kirkegården blev indviet i 1666 som erstatning for Sankt Annæ Kirkegård, der efter indvielsen i 1654 hurtigt gik ud af brug. Sankt Annæ Kirkegård var blevet anlagt for at aflaste Holmens Kirkes oprindelige kirkegård, der lå i tilknytning til Holmens Kirke og dermed inden for byens volde. Kirken blev udvidet i hhv. 1817, 1856 og 1884, er nu i alt ca. 4,5 ha. Efterhånden som begravelsespladserne inden for voldene var brugt op, blev også mere formuende begravet på Holmens Kirkegård, og det blev tilladt at opsætte mindesmærker. Det ældste bevarede monument er fra 1794, og det største, rejst over de faldne i Slaget på Reden d. 2. april 1801, er en bevokset gravhøj med sandstensobelisk, udført af Johannes Wiedewelt. I 1798 foreslog overkrigskommissær F.C. Schmidt »en Hovedpassage for Ligskarerne og en smuk Promenade« med tre stier udgående fra den nordlige indgang, hvoraf midteralléen var af popler. De blev i 1981 udskiftet med de linde, der i dag ses på den tætplantede og stemningsfulde kirkegård. Trækapellet i norsk stavkirkestil fra 1902 er tegnet af Ludvig Fenger.
