Køge Ådal er en del af den store tunneldal, der strækker sig fra Åmose i Vestsjælland til Køge Bugt. Åen har et forløb på 20,6 km og afvander et samlet opland på 180,6 km2.
På strækningen fra Skovhus Vænge til Køge Ås er åens naturlige forløb bevaret. I Skovhus Vænge løber åen gennem en dyb og smal kløft, mens den ved Gammel Lellingegård og syd for åsen løber i store sving gennem en bred ådal med enge. Vest for Skovhus Vænge er Køge Å ligesom mange andre danske åer reguleret for at kunne bortlede vandet hurtigt. I 1960’erne påbegyndte man ved åen indvinding af drikkevand til hovedstadsområdet. Det betød, at vandmængden i åen blev kraftigt formindsket. Fra åsen til udløbet løber åen på gammel havbund. Her er der ringe fald, og det er forklaringen på, at saltvandet ved højvande kan trænge op i åen og bevirke fiskedød.
Køge Å har en meget artsrig fiskebestand. Åen er udpeget som internationalt naturbeskyttelsesområde (Natura 2000) især pga. den ca. 10 cm lange bundfisk pigsmerling. Der findes også elritse, grundling, rimte, flodlampret og en lille bestand af ørreder.
Siden 1990 er der gjort en stor indsats for at skabe bedre vilkår for fisk. Om sommeren tilføres åen vand fra boringer og overflademagasiner, og sten og grus er lagt ud i åen for at skabe strømrender med forøget hastighed og iltning af vandet. Der er også lavet gydebanker til ørreder med lag af grus og småsten. Effekten af tiltagene har betydet, at vandkvaliteten og de fysiske forhold i Køge Å er forbedret væsentligt.
