Køge Kommune har udarbejdet en naturstrategi for 2018‑22. Desuden har man lavet særlige handleplaner for kommunens to Natura 2000-områder. Den almindelige strategi følges op af årlige naturhandleplaner. Eksempelvis arbejder man med at grave nye vandhuller til padder og oprense eksisterende, og man er også begyndt at frilægge og restaurere vandløb.
Kommunen har særligt fokus på såkaldte ansvarsarter. Det vil sige arter, som er sjældne, fredede eller truede som fx ringplettet gøgeurt, løgurt, springfrø og markfirben. Samtidig har man også sat fokus på invasive arter som rynket rose og kæmpebjørneklo og har iværksat bekæmpelse af disse.
Der findes flere steder tørre overdrev i kommunen, ikke mindst på Køge Ås. Her arbejder man på at pleje områderne med græsning og høslæt, så de ikke vokser til. På den måde sikrer man forekomsten af flere sårbare dyr og planter, som er knyttet til de tørre områder. I den forbindelse har man lavet en særlig indsats for markfirben. Kommunen lægger desuden vægt på at føre tilsyn med overdrevene langs Køge Ås.
Enge og moser har også kommunens bevågenhed. Også her er tilvoksning et problem, og derfor har Køge Kommune igangsat flere projekter, som skal sikre nogle af kommunens større moseområder. Man har fx sørget for græsning i Regnemark Mose. Kommunen klarer indhegning m.m., mens de græssende dyr er privatejede.
Strandengene langs Køge Bugt plejes ved græsning, bl.a. af hensyn til orkidéen ringplettet gøgeurt. Her har man slået vegetationen og organiseret græsning i samarbejde med private lodsejere. På Ølsemagle Revle har man i samarbejde med Naturstyrelsen opgravet rynket rose og udsat græssende får. Ølsemagle Revle omfatter både statsejede og kommunalt ejede arealer.
Da de fleste skove i kommunen ejes af private eller institutioner, har man tilbudt samarbejde med skovejerne om at skabe bedre natur i skovene. Kommunen har arbejdet på at registrere mindre beskyttede naturområder i skovene, fx skovmoser, som er såkaldte § 3-områder, så man i samarbejde med skovejerne kan bevare naturen i disse områder bedst muligt.
I kommunens naturstrategi indgår også naturformidling til borgerne og mulighed for naturoplevelser, fx har man i forbindelse med planerne for restaurering af Ejby Mose arbejdet på at få et stiforløb omkring mosen. Man har også arbejdet med at informere de mange besøgende på Køge Sydstrand om problemerne med løse hunde i netop dette område.
