Høje-Taastrup Kommune er en del af Høje Taastrup Provsti, der omfatter kommunerne Høje-Taastrup og Ishøj. I kommunen er der 7 sogne, 6 pastorater, 7 menighedsråd og 23 sognepræster. Af det samlede indbyggertal er 59,9 % medlemmer af folkekirken, dvs. under landsgennemsnittet på 75,3 (2018).
Søren Glud, der var præst ved Høje Taastrup Kirke indtil 1673, medvirkede ved udarbejdelsen af Danske Lovs 2. bog om religionen. Johannes Ferdinand Fenger, præst i Høje Taastrup fra 1854, var et stort navn i de grundtvigske kredse. Han var også medlem af den kommission, der efter Grundloven af 1849 skulle udarbejde en forfatning for folkekirken. Han blev siden formand for Det Danske Missionsselskab (nuværende Danmission).
Fra Fløng bør præsten Sophus Zahle nævnes. Han var ud over sognepræst og hofprædikant også i sin samtid en anerkendt naturvidenskabsmand og digter. Ansgarkirken blev opført i Hedehusene i 1921, efter at menigheden periodevis havde holdt gudstjenester i missionshuset Betania og i en forskole.
Taastrup Nykirke Sogn blev udskilt fra Høje Taastrup Sogn som kirkedistrikt i 1907 og som selvstændigt sogn i 1918. Sognet har historisk været præget af grundtvigianismen, men også den indremissionske vækkelse spiller i dag en betydelig rolle i området. Provsten for Høje Taastrup Provsti, Søren Isak Nolsøe, er hovedbestyrelsesmedlem i Indre Missions landsorganisation. I Taastrup er der et aktivt missionssamfund, mens kirkelivet især samler sig om Rønnevang Sogn (udskilt fra Taastrup Nykirke Sogn i 1976). Luthersk Mission, Hedekredsen, holder sine gudstjenester i missionshuset i Taastrup.
Sengeløse oplevede forskellige dryp af 1800-tallets vækkelser: Først et lokalt bibelselskab, dernæst »lindbergianere«, dvs. tilhængere af Grundtvigdisciplen J.C. Lindberg, og siden en gruppe baptister i Vridsløsemagle. Sidstnævnte gik med tiden over til Jesu Kristi Kirke af Sidste Dages Hellige (mormonkirken).
I Høje Taastrup har en større katolsk menighed holdt messe siden 1922, og de har nu både privatskole og kirke med navnet Sankt Pauls. I 1933 flyttede menigheden en frikirke fra København til Taastrup og ombyggede den i norsk stil. En ny kirke blev opført på Frøgård Allé og indviet i 1995, mens den tidligere kirke blev solgt til en migrantmenighed under den koptiskortodokse kirke i Skandinavien.
Baptisterne har siden 1990 haft egen kirke i Taastrup (City Kirken); menigheden har ingen kirkebygning, men lejer sig ind i forskellige kommunale bygninger. Yderligere findes i Taastrup-Valby Blåkildekirken: en evangelisk frikirke med egen kirke, der har et stærkt engagement i ydre mission. Menigheden er desuden tæt knyttet til jødisk tradition og fejrer eksempelvis den jødiske løvhyttefest.
Der ligger to moskéer i kommunen: Yunus Emre Moske og Dansk Indvandrer Kulturforening. Begge er en del af Dansk Tyrkisk Islamisk Stiftelse (Diyanet), som er det største muslimske trossamfund i Danmark i dag. Derudover er der en pakistansk moské, Islamisk Forum.
Den koptisk-ortodokse Kirke, der blev et anerkendt trossamfund i Danmark i 1996, blev grundlagt af indvandrere fra Egypten i 1970. Kirken holder til i egne bygninger i Taastrup i en tidligere katolsk kirke.
