Jammerbugt Kommune er et område, der historisk set har haft en mangfoldighed af kristne frikirker og kirkelige retninger. Sådan er det også i dag, hvor nye menigheder opstår, og andre lukker ned, mens en række veletablerede gamle menigheder fortsat eksisterer.
Inden for folkekirken findes en række indremissionske grupper med udgangspunkt i missionshuset i Brovst fra 1887. I dag er der færre indremissionske grupper, da nogle er nedlagt eller lagt sammen, men der er fortsat aktiviteter i Fjerritslev, Brovst, Kettrup, Gøttrup, Aabybro og Skovsgård.
De grundtvigianske miljøer i området udspringer i Klim, som blev et centrum for den grundtvigianske bevægelse med Klim Friskole i 1872, der fortsat eksisterer, og frimenighed i 1883. Der er i dag en grundtvigiansk valgmenighed, der består af to kredse (Klim-Hannæs Valgmenighed), med baggrund i frimenigheder stiftet i 1880’erne.
Brovst Baptistkirke (med egen kirke 1912) har sin historiske baggrund i de første baptistmenigheder, der blev etableret i Danmark, allerede før Grundloven i 1849 sikrede religionsfriheden. Der er også baptistkirker i Ingstrup (opført 1956), Saltum (opført 1952) og Pandrup (opført 1932). Jammerbugt Kommune afspejler på denne måde en central del af den danske religionshistorie, idet kommunen rummer flere eksempler på aktive menigheder, der har rødder helt tilbage til 1800-tallet.
I Brovst er der opstået en ny frikirke, Fristedet (stiftet 2013), som har mission blandt muslimske beboere på et nærliggende asylcenter som hovedaktivitet. Deres kirkelokaler har tidligere tilhørt Missionsforbundet.
Også Jehovas Vidner har en række rigssale i området, og mange af aktiviteterne er centreret omkring rigssalen i Fjerritslev. Derudover er der møder i Brovst og Ingstrup.
Folkekirken nyder stor opbakning i kommunen, hvor 87,8 % er medlemmer mod 76,9 % (2016) på landsplan.
