De 15 sogne i Køge Kommune udgør tilsammen Køge Provsti i Roskilde Stift. 74,9 % af indbyggerne i kommunen er medlemmer af folkekirken, hvilket ligger lidt over landsgennemsnittet på 73,8 % (2021). Der er dog forskelle, idet de to sogne tæt på Køge, Ølsemagle og Boholte, har hhv, 66,6 % og 66,1 %, mens Bjæverskov og Sædder vest og sydvest for Køge har hhv. 81,2 % og 79,8 %.
I 1897 indviede Indre Mission missionshuset Ebenezer i Kirkestræde i Køge, som fortsat er meget aktivt. I begyndelsen af 1900-tallet arbejdede katolske landarbejdere fra Polen på de lokale gårde, bl.a. herregården Ny Lellingegård, og fra 1902 blev der holdt katolske messer i private hjem i Køge. I 1906 blev Køge et selvstændigt katolsk sogn, og i 1909 blev Skt. Hans Kapel indrettet i en villa på den nuværende Bjerggade 22 (tidligere Elisevej). I årene 1911‑41 var en katolsk skole i tilknytning til menigheden aktiv i nabobygningen i Bjerggade 20. I 1967 indviedes den nuværende katolskekirke længere nede ad Bjerggade i nr. 10.
Køge Adventistkirke blev stiftet i 1932 og købte i 1952 egen kirke i Bjerggade. I 1989 indviedes den nuværende kirkebygning på Parkvej i Køge. Pinsebevægelsen åbnede Køge Frikirke i 1991 med tilknytning til Billesborgskolen (grundlagt 1993). Den apostolske Skovbo Frikirke i Borup eksisterede i perioden 1997‑2013, og den apostolske kirke står i dag bag Skovbo Efterskole ved Slimminge. I 2021 åbnede Lillesyd Friskole med grundtvig-koldsk værdigrundlag.
