Køge, som er kommunens administrative center, har en befolkning på 38.155, et areal på 18,6 km2 og en beliggenhed 35 km sydvest for København; her bor 62 % af kommunens indbyggere. Byen er en handels-, industri- og uddannelsesby, og den er det kulturelle center med museer, biograf og teater.
Byen blev anlagt i middelalderen ved Køge Å. Indtil midten af 1900-tallet lå det bebyggede areal stort set nord for Køge Å, hvor villaerne omkring den gamle bykerne var afgrænset af Ringvejen, Københavnsvej og baneterrænet. Byens profil tegnes af Sankt Nicolai Kirke og to vandtårne, da de centrale bydele er friholdt for højt etagebyggeri.
I sidste del af 1900-tallet udviklede byen sig syd og øst for åen. Siden 2010’erne har et nyt bydelsprojekt, Køge Kyst, været under etablering. Det omfatter en omlægning af arealet ved Søndre Havn, stationsområdet og parkeringspladsen øst for stationen. Ved færdiggørelsen skal Køge Kyst rumme et afvekslende byggeri med boliger, butikker og kontorerhverv i op til syv etagers højde, mens områdets ældre virksomheder flyttes til den udvidede Køge Nordhavn, hvor der er planlagt en unitterminal, hvor skibe kan laste containere og gods af til videre transport.
Rundt om Torvet og i de ældste gader, Nørregade, Vestergade og Brogade, ligger en række specialforretninger og serveringssteder, hvor bindingsværkshuse veksler med nyere huse fra forskellige tidsaldre. Portene til de oprindelige købmandsgårde er ofte åbne og fører ind til lukkede gårdmiljøer eller tjener som gennemgang til de bagvedliggende gader og stræder. Jernbanegade fører ned til Stationspladsen, hvor et nyt bolig- og forretningskvarter er etableret langs Ivar Huitfeldtsvej og Rådhusstræde som en del af Køge Kyst-projektet. Udvalgsvarer udbydes også i Den Hvide By ved Københavnsvej, hvor Codan Gummi tidligere lå.
Lovparken ligger på gammelt befæstningsterræn, gartnerjord og præstegårdsjord og er i dag en landskabelig park.
Mod nord voksede Køge og Ølby Lyng sammen allerede i 1970’erne, og det bebyggede areal i området er løbende blevet udbygget og udvidet siden da. Ølbycenter har daglig- og udvalgsvarer og et supermarked i bymidten, og mod øst ligger en skole, ældreboliger, kirke og Køge Svømmeland. Nær Ølby Station ligger Sjællands Universitetshospital, Køge ved Stensbjergvej, et campusområde med ungdomsboliger syd for Nordhøj og nord herfor bl.a. Skandinavisk Transport Center med store lagerbygninger.
Foruden ved Ølby Lyng ligger Køges erhvervsvirksomheder vest og øst for Københavnsvej og ved Køge Nordhavn. Mod syd ligger Herfølge, der har udviklet sig fra en mindre kirkelandsby til en større stationsby i 1900-tallet,da der kom station på jernbanestrækningen Køge-Næstved. Herfølge er i dag vokset sammen med Køge, og som forstad er den domineret af almennyttige boligkomplekser og større parcelhuskvarterer.
