Sejerø er opbygget af randmorænebakker, som er bundet sammen af havaflejringer. Bakkerne giver øen dens langstrakte form og nordvestsydøstorientering. Hvor bakkerne når frem til kysten, er der erosion. Det ses fx langs sydvestkysten, hvor der findes flere stenhøfder. Her går sedimenttransporten mod sydøst, og stranden er stenet. En stor del af kysterne på Sejerø kendetegnes af en bred strandbred med en enkelt revle på strandplanet.
Sydvest for Mastrup er der en stor strandvoldsslette. I den sydøstlige ende af Sejerø strækker odden Knoben sig ud på det lange Sydøstrev.
