Omgivet af et bakket morænelandskab, på tværs af grænserne mellem Hørsholm, Rudersdal og Allerød Kommuner, ligger den 293 ha store Sjælsø. Søen er forholdsvis lavvandet med en middeldybde på 2,75 m og en størstedybde på 5,4 m, som nås ved nordsiden, hvor Sjælsø Lund strækker sig helt ned til søbredden. Oplandet er på ca. 3.380 ha, og søen har tilløb via Degnebæk, Ellebæk og Kajerød Å i vest, mens den har udløb gennem Usserød Å i øst. Som følge af tidligere spildevandsudledning fra de omkringliggende byer er søen ret næringsbelastet.
Fuglelivet er rigt, og ved søen er der iagttaget mere end 140 forskellige arter. Ud over en lille bestand af toppet lappedykker omfatter ynglefuglene bl.a. fjordterne og rørhøg. Desuden benytter mange vandfugle søen som rasteplads om vinteren, hvor især blishøne, troldand og taffeland kan optræde i stort antal. I træktiden lægger også fiskeørn og havørn jævnligt vejen forbi søen.
Fiskebestanden domineres af aborre og brasen. Dertil kommer bl.a. gedde, hork, karpe, regnløje, rudskalle, skalle, suder og ål. Søen har tidligere været kendt for sine meget store brasener. De synes dog at være forsvundet efter den biomanipulation, som blev foretaget i forbindelse med Algae Be Gone-projektet, der skulle genoprette søen. Projektet sluttede i december 2013.
På hver side af Sjælsø Lund kantes søen af fredede områder. Den vestlige strækning blev fredet i 1961, mens strækningen i øst blev fredet i 2006.
