Den lille, ovale Skærsø ligger i kommunens østligste hjørne på tværs af grænsen til Kolding Kommune. Søen er Jyllands østligst beliggende hedesø med et areal på 16,5 ha, en middeldybde på 1,4 m og en størstedybde på 6 m.
Indtil slutningen af 1980’erne var Skærsø en klarvandet, næringsfattig sø, men en øget tilførsel af næringsstoffer fra søens opland førte til en øget belastning med stigende algevækst og uklart vand til følge. Sigtdybden faldt, og søens tilstand blev gradvis dårligere. I dag er Skærsø i bedring, om end den stadig er i ringe økologisk tilstand.
Søens planteliv omfatter bl.a. grundskudsplanterne tvepibet lobelie, strandbo og sortgrøn brasenføde, hvilket gør Skærsø til en såkaldt lobeliesø. Tidligere dækkede de op mod halvdelen af søbunden, men er gået betydeligt tilbage i takt med næringsbelastningen og den forringede sigtdybde. Ud over grundskudsplanterne omfatter søens vandplanter også svømmende vandaks, hårtusindblad og liden blærerod.
Det meste af søen kantes af moser, og mod øst ligger Nørremose som et stort, lysåbent hede- og hedemoseareal. Stedvis i moserne kan man opleve et varieret og rigt planteliv med en række sjældenheder som liden ulvefod, hvid og brun næbfrø, fåblomstret kogleaks, fin bunke, liden soldug, klokkeensian, rosmarinlyng og benbræk.
Dagsommerfugle som moseperlemorsommerfugl, brunlig perlemorsommerfugl og okkergul pletvinge flyver over de omkringliggende heder og moser, hvor man også kan opleve en stor mangfoldighed af guldsmede, der omfatter sjældenheder som grøn kobbervandnymfe, lille kærguldsmed og rødåret hedelibel. Søen er dog især kendt for den sjældne lys skivevandkalv, som her har det ene af sine blot to kendte levesteder i Jylland.
Fuglelivet er rigt, og omkring Skærsø og i den tilstødende Nørremose er der iagttaget mere end 140 forskellige arter. Til ynglefuglene hører bl.a. tranen, som slog sig ned i området i 1997, hvor et par fik unger i Husted Mose lige vest for Skærsø. Skærsø blev fredet sammen med Nørremose i 1977. Fredningen dækker et areal på ca. 70 ha.
