Med et samlet skovareal på 11.258 ha, svarende til knap 18 % af kommunens areal, er Faaborg-Midtfyn Kommune ganske skovrig. De største skovområder ligger i tilknytning til herregårdene Brahetrolleborg og Holstenshus i den sydlige del af kommunen.
Flertallet af skovene er privatejede og drives overvejende som produktionsskove. Statsskovene i Svanninge Bakker og den ligeledes statsejede Sollerup Skov drives dog efter naturnære principper, mens Bikubenfondens skovarealer i Svanninge Bjerge er såkaldt vildskov, hvor træer fældes for at få mere lys ned på skovbunden, og døde stammer får lov at blive liggende. I såvel Svanninge Bakker som Svanninge Bjerge er store skovarealer desuden udlagt som græsningsskov, hvilket bl.a. skal bidrage til at øge den biologiske mangfoldighed. På især Horne Land og omkring Faaborg kan man desuden finde rester af gamle stævningsskove med hassel og rødel, der med års mellemrum blev skåret ned og udnyttet til fx hegnsmateriale og brænde. Flere af dem er fredede, og en mindre del af Hornenæs Skov drives fortsat med stævning.
