Faaborg-Midtfyn Kommune har 2.297 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de et areal på 1.159 ha, hvilket gør kommunen til den mest sørige på Fyn. Det store søareal skyldes hovedsagelig Arreskov Sø, Brændegård Sø og Nørresø, som er Fyns tre største naturlige søer. Dertil kommer flere store kunstige søer som Inddæmningen ved Nakkebølle Fjord og Sundet ved Faaborg. Gennem tiden er alle de større søer blevet belastet med byspildevand og næringsstoffer fra det omkringliggende landbrug, og med undtagelse af grusgravssøerne ved Tarup-Davinde er ingen af kommunens store søer i god økologisk tilstand.
Vandløbene er også rigt repræsenterede med en strækning på 427 km, som er beskyttet af Naturbeskyttelsesloven, samt et større antal mindre vandløb, kanaler og grøfter. Størstedelen af kommunen afvandes af Odense Å-systemet, som ud over Odense Å omfatter Silkeå, Hågerup Å, Sallinge Å, Vittinge Å og Lindved Å. Til kommunens andre større åer hører også Vindinge Å, som er det eneste vandløb på Fyn med en ynglende laksebestand. Store dele af Sallinge Å og Horne Mølleå er i god økologisk tilstand, mens det samme kun er tilfældet på korte strækninger af de øvrige større vandløb.
