Kommunen når ud til Det Sydfynske Øhav mod syd og sydvest, hvor havet dæmper temperaturvariationen og giver milde somre og lune vintre. Den største del af kommunen ligger dog inde i land, hvor kystpåvirkningen efterhånden forsvinder. Her er temperaturvariationerne større med varmere somre og koldere vintre til følge. Når vinden om sommeren kommer fra syd og sydvest, føres varme fra Nordtyskland op mod Fyn, hvilket hæver temperaturen yderligere. Samlet set ligger årsmiddeltemperaturen i Faaborg-Midtfyn Kommune derfor over landsgennemsnittet.
Mod sydvest ligger bakkelandskabet De Fynske Alper, hvis højdedrag fører til øget skydannelse og nedbør. Denne del af kommunen er derfor også den vådeste. At kommunen alligevel er ret nedbørsfattig, skyldes, at vinden fra vest når at tørre ud på sin vej hen over Jylland og Den Jyske Højderyg, inden den rammer Fyn. Mindre nedbør betyder til gengæld færre skyer og mere sol, og antallet af solskinstimer ligger da også over landsgennemsnittet. Solen skinner mest nær kysten i den vestlige del af kommunen.
