Brahetrolleborgs skove i den sydøstlige del af kommunen dækker tilsammen et areal på ca. 1.750 ha, hvilket gør dem til et af de største sammenhængende skovområder på Fyn. Skovene ligger i det småbakkede midtfynske dødislandskab omkring Nørresø og Brændegård Sø, som begge er opstået i huller, skabt af den smeltende dødis. Det store privatejede skovareal veksler mellem løvskov og nåleskov og drives hovedsagelig som produktionsskov. Dertil kommer store arealer med juletræer og pyntegrønt.
På muldbunden dominerer bøgen, som udgør langt den største andel af løvskovsarealet. Her dækkes skovbunden af hvid anemone samt en række andre muldbundsplanter som guldnælde, bingelurt, skovstar og dansk ingefær. Enkelte steder kan man også møde tyndakset gøgeurt, skovgøgelilje og ramsløg. Hvor jordbunden bliver mere sandet, erstattes mulden af morbund, og løvskoven må ofte vige pladsen for nåleskov, om end man stadig kan finde bøgebevoksninger og egeblandskov med morbundsplanter som bølget bunke, lægeærenpris og lyngsnerre.
Langs store dele af Brændegård Sø, Nørresø og Silkeå er der elle- og askesump med et planteliv af bl.a. kærstar, stiv star, gul iris, vandmynte og bittersød natskygge. Her findes også den sjældne, blot få millimeter store sumpvindelsnegl. På nordvestsiden af Brændegård Sø ligger desuden Nybo Mose, hvis åbne højmoseflade mod syd erstattes af skovbevokset tørvemose med især dunbirk og tørst. Blåtop dominerer plantelivet på tørvemosens bund, hvor man dog også kan finde den på Fyn meget sjældne femradet ulvefod.
Trods en ret intensiv drift har det store skov- og naturområde bevaret et forholdsvis rigt fugleliv. Ynglefuglene omfatter bl.a. stor flagspætte, skovsneppe, huldue, natugle, ravn og kernebider samt rovfugle som havørn, hvepsevåge og duehøg. Skarver har kolonier ved både Nørresø og Brændegård Sø, og i begyndelsen af 1990’erne var skarvkolonien ved Brændegård Sø blandt de største i Nordeuropa.
For at bevare »deres karakteristiske Profiler og landskabelige Skønhed« blev en række træer, trægrupper og holme ved Brahetrolleborg fredet ved deklaration i 1925, og i 1962 blev et stort antal stengærder i og omkring skovene også fredet. I 1986 blev Nørresø og Brændegård Sø med omgivelser fredet for bl.a. at beskytte skarvkolonierne. Derudover er skovene omkring Brahetrolleborg udlagt som både habitat- og fuglebeskyttelsesområde.
