I det kuperede landskab nord for Ebeltoft ligger den lavvandede, næringsrige Stubbe Sø, som med et areal på 376 ha er Djurslands største sø. I 1800-tallet var jorden i søens opland udpint, landbrugsdriften blev opgivet, og krat og hede begyndte at brede sig ud over området. På de åbne lyngbakker begyndte man op mod århundredeskiftet at etablere de store Skramsø og Skærsø Plantager, som i dag omgiver det meste af søen. På søens nordside findes desuden store og veludviklede ellesumpe, mens man mod nordøst kan finde lysåbne områder med enge, sure overdrev og rigkær.
Stubbe Sø indgår i et større vandsystem. Gennem Øksenmølle Å har den således forbindelse til Øjesø, mens Langsø Bæk forbinder den med Langsø ved Ulstrup. Hvor disse søer og vandløb i overvejende grad er rene og klarvandede, er Stubbe Sø stadig mærket af tidligere tiders tilledning af spildevand. Man har forsøgt at forbedre vandkvaliteten gennem biomanipulation hvor fredfisk er blevet opfisket, og geddeyngel udsat. Det har dog ikke haft den ønskede effekt, og søens vand er stadig uklart.
De største naturværdier opnår søen gennem fuglelivet, som er både rigt og varieret. Ynglefuglene omfatter bl.a. toppet lappedykker, knopsvane, grågås, skeand, troldand, skægmejse, vandrikse og rørhøg. Derudover har søen stor betydning som rasteområde for trækkende gæs, ænder og lappedykkere. Havørn ses også regelmæssigt, og om vinteren opholder lille skallesluger og sangsvane sig ofte på søen. Der er fundet spor efter odder ved søens ind- og udløb. Omkring søen findes syv forskellige arter af flagermus, og ved søens nordside kan man derudover opleve den sjældne damflagermus jage over vandet.
Stubbe Sø og dens nærmeste omgivelser blev fredet i 1963, ligesom søen er udpeget som habitatområde. Fugleværnsfonden ejer et fuglereservat på 23,5 ha på søens nordside, men ellers er området overvejende privatejet.
