Med sine mange særlige naturtyper, landskabsformer og store mangfoldighed af dyr, planter og svampe markerer Syddjurs Kommune sig som en decideret naturkommune. Det var også baggrunden for etableringen af Nationalpark Mols Bjerge, hvis landareal i dag dækker ca. 20 % af kommunen.
En stor del af forvaltningen af kommunens natur og landskaber tager udgangspunkt i Naturkvalitetsplan 2013, som uddyber, begrunder og forklarer de målsætninger og prioriteringer på naturområdet, der er vedtaget i kommuneplanen. I forbindelse med naturkvalitetsplanen har Syddjurs Kommune udpeget et stort antal dyre-, plante- og svampearter, som har en væsentlig del af den danske bestand i Syddjurs Kommune. De indtænkes i forvaltningen, planlægningen og naturplejen, og deres status benyttes som en indikation for, om Syddjurs Kommune bidrager til at sikre den danske artsrigdom.
Naturen og landskabet spiller også en stor rolle i det rekreative liv i kommunen. I Kommuneplan 2016 skriver kommunen, at »der [skal] sikres adgang til en sund og aktiv livsstil og mulighed for mangfoldige og unikke udendørsoplevelser«. Det ønsker kommunen bl.a. skal ske ved etableringen af et sammenhængende stisystem. Blandt de største erhvervsmæssige interesser, som direkte påvirker naturen, er især råstofindvinding og landbrug. Forvaltningen af råstofindvindingen fastlægges i råstofplanen for Region Midtjylland. I dag er der udlagt ca. 750 ha råstofgraveområder, som rummer flere aktive grusgrave.
Landbrugsarealet er i perioden 2007‑15 faldet i stort set hele kommunen og ligger med et gennemsnit på ca. 54 % markant under landsgennemsnittet. Kommunen har da også et ønske om, at der ikke forbruges mere landbrugsjord end nødvendigt. Desuden mener man, at de bedst egnede landbrugsjorder og større samlede jordbrugsområder skal bevares.
