Med et skovareal på 17.240 ha, svarende til ca. 25 % af kommunens samlede areal, hører Syddjurs til blandt landets skovrige kommuner. Op gennem 1500- og 1600-tallet var mange af Djurslands oprindelige skove forsvundet, og kun omkring herregårdene havde skoven formået at holde stand. Skove med lang kontinuitet er derfor få og findes bl.a. ved Rugård, Kalø, Skærsø, Tolløkke, Skaføgård og Rosenholm samt i Løvenholmskovene. For at dæmme op for en stigende sandflugt begyndte man i 1700-tallet at plante skov i et bælte, som strakte sig tværs over hedesletten fra Skaføgård og Pindstrup i nordvest til Skærsø i sydøst. I 1881 holdt Hedeselskabets direktør, E.M. Dalgas, sit første plantningsmøde, hvor han forsøgte at vinde folkelig opbakning til etablering af plantager på Djursland. Det blev begyndelsen på nåletræsepoken i Mols Bjerge og på de store plantageområder omkring Stubbe Sø.
Flere af skovene i kommunen rummer store naturmæssige værdier. Det gælder bl.a. Fjeldskovene med deres bevoksninger af vintereg og bøg samt Sønderskov ud mod Kattegat, hvor havørnen har slået sig ned, og hvor den forholdsvis sjældne alm. fladmos pryder de gamle stammer. Dertil kommer Skramsø Plantage, som er levested for både mose- og klitperlemorsommerfugl samt azurbillen, hvis larve lever i døde fyrrestammer.
