Amagermuseet er et tidligere selvstændigt museum i Store Magleby, der siden 2008 har haft status af afdeling under den selvejende institution Museum Amager.
Museets historie går tilbage til stiftelsen af Amager Museumsforening i 1901. Foreningen havde til formål at belyse de særlige forhold på Amager. Museumsforeningen erhvervede en af de såkaldte hollændergårde på Hovedgaden i Store Magleby, og i 1915 købte foreningen gårdejer Dirch Jansens private historiske samling. I 1922 åbnede Amagermuseet, i 1953 blev det statsanerkendt, og i 1973 erhvervede museet Nordgård.
På Amagermuseet kan man se udstillinger om den hollandske indvandring til Amager i 1500-tallet og eksempler på, hvordan den hollandske kultur har ytret sig.
Amagermuseet har desuden en større malerisamling, især mange af Julius Exners værker.
