Egedal Kommune har ca. 125 km offentlige og ca. 500 km private vandløb. Blandt kommunens største vandløb er Værebro Å, Spangebæk, Stenløse Å og Grønsø Å. De fleste vandløb lever ikke op til kommunens målsætning, og i forbindelse med de statslige vandplaner forventes det, at der skal gennemføres restaureringer i næsten alle vandløb.
Ud over vandløbene har kommunen 599 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 221 ha, hvilket svarer til knap 2 % af kommunens areal. De største søer omfatter Skenkelsø Sø, Fuglesø og Løje Sø samt Buresø, som Egedal dog må dele med Allerød og Frederikssund Kommuner. Ligesom vandløbene lever mange af søerne endnu ikke op til kommunens målsætninger.
