Egedal Kommune har især i kraft af sine skove, enge, moser og sit kuperede landskab en varieret natur. I forbindelse med udpegningen af Grønt Danmarkskort har Egedal Kommune udpeget en række større sammenhængende naturområder. Områderne ligger især omkring Mølleådalen, Porsemose og Tysmose, Veksø Mose og Værebro Ådal. Disse ofte adskilte naturområder forbindes af spredningskorridorer, som sikrer dyrenes og planternes spredningsmuligheder. Korridorerne og fordeler sig uden om byområderne på kryds og tværs af kommunen.
Skovarealet i Egedal Kommune ligger en smule under landsgennemsnittet, men kommunen har et ønske om at øge skovarealet til 22 %. Derfor er der udpeget en række områder til ny skovrejsning, hvoraf de største ligger mellem Gammel Ølstykke og Værebro, syd for Stenløse og ved Nybølle.
Derudover udtrykkes der i Kommuneplan 2017 ønske om at styrke og synliggøre det åbne land som kommunens største friluftsattraktion. Det skal bl.a. ske ved at skabe opmærksomhed om de særlige og værdifulde naturområder, og kommunen har derfor udpeget 11 naturperler, heriblandt Brøns Mose, Porsemose, Tysmose, Skenkelsø Sø, Småsøerne og Sortemose.