Kun 1,4 % af Frederikssund Kommunes areal dækkes af søer og vandløb. I alt findes der 1.142 søer på mindst 100 m2. Langt de fleste er dog små, og kun 25 søer overstiger 1 ha. Kommunens to største søer er Selsø Sø og den 9 ha store Rørmose på Eskilsø. Dertil kommer den 76 ha store og op til 11 m dybe Buresø, som sydøst for Slangerup lige netop sniger sig ind over kommunegrænsen. Selv om der findes nogle få brunvandede, næringsfattige søer som Kongens Lyng i Nordskoven, er langt de fleste af søerne ret næringsrige.
Kommunen har 306 km åbne og mindst 22 km rørlagte vandløb. De største er Værebro Å, Sillebro Å, Græse Å og Havelse Å, der alle udmunder i Roskilde Fjord. Græse Å har med 11 km sit længste forløb i kommunen. Vandløbene er ofte stærkt præget af regulering og tilledning af spildevand. Deres tilstand er dog i bedring, og visse delstrækninger har i dag mindre bestande af ørred.
