Nordfyns Kommune er en forholdsvis søfattig kommune. I alt rummer den 1.672 søer på mindst 100 m2, som tilsammen dækker 381 ha eller mindre end 1 % af kommunens areal. De eneste søer af betydning er Dallund Sø ved Søndersø, Langesø syd for Morud, Engsøen i Gyldensteen Strand Vildtreservat og Mellemstykket i Ølundgårds Inddæmning. Resten af kommunens søer er småsøer og vandhuller.
Ud over søerne har kommunen ca. 385 km offentlige samt et stort antal private vandløb og grøfter. Vandløbene afvander kommunen til hhv. Det Nordlige Bælthav og Odense Fjord. Kommunens to største vandløb er den 25 km lange Storå med et samlet opland på 155 km2 og den 27 km lange Stavidså med et samlet opland på 146 km2. Ingen af de to har dog hele deres løb inden for kommunegrænsen. Således udspringer Storå vest for Veflinge og løber i en stor bue op forbi Hårslev for derefter at løbe ind i Middelfart Kommune nordøst for Harndrup. Herfra fortsætter åen til udløbet i Båring Vig. Mens Storå løber vest- og nordpå, løber Stavidså mod øst fra udspringet ved Skovmøllen og op gennem Langesøskovene, hvorefter den forlader kommunen og fortsætter til udløbet i Odense Kanal.
