Størstedelen af Nordfyns Kommune består af en vidtstrakt moræneflade kaldet Sletten eller »Det Flade Fyn«. Sletten strækker sig fra Odense Fjord i øst til Middelfart Kommune i vest og blev dannet inde under isen i sidste istid, Weichsel. Flere steder er langstrakte bakker trukket ud i isens bevægelsesretning, hvilket har skabt et terrænstribet landskab, der bl.a. kan ses omkring Skamby, Nørreby og nord for Otterup. Omkring Odense Fjord i øst samt centralt i kommunen er bakkerne orienteret sydøst-nordvest, mens de omkring Bogense i vest får en mere øst-vest-gående orientering. Sletten er også furet af dale, der følger terrænstribningens retning. Blandt de mere markante dale er Langesø-tunneldalene med Korup Dal og Stavidsådal nordvest for Odense.
Øst for Bogense ligger Grindløse Ås som en kæde af smalle, 50‑100 m brede og 10‑15 m høje bakkerygge. I dag har råstofudvinding dog fjernet det meste af åsen.
Syd og vest for Morud, i den sydlige del af kommunen, skifter landskabet karakter, og Sletten afløses af det bakkeland, som kendetegner egnen omkring Vissenbjerg i Assens Kommune mod syd. Bakkelandet består af talrige toppede småbakker og afløbsløse lavninger, hvilket bl.a. ses syd for Gamby og omkring Rugård. Ved Væde sydvest for Morud kulminerer det i kommunens højeste punkt 86 m.o.h.
På Littorinahavets tid bestod kommunens kyst af talrige halvøer og småøer. Efterfølgende har en kombination af bølger og landhævning fået øer og land til at vokse sammen, dannet marint forland og udlignet dele af kysten. Andre steder er kysten udlignet af inddæmninger og tørlægninger, hvilket bl.a. gælder Gyldensteen Strand Vildtreservat og et stort område nordøst for Otterup. Den nordlige kystlinje ud mod Odense Fjord er fliget, da den følger morænelandets terrænstribning.