Med blot 20 søer på mindst 100 m2 er Rødovre en søfattig kommune. Tilsammen dækker søerne 11 ha, svarende til 0,9 % af kommunens areal. Fæstningskanalen, som løber gennem anlægget Vestvolden, udgør med 8,1 ha langt den største andel af søarealet. Kommunens resterende søer er alle under 1 ha.
Rødovre Kommune har kun to egentlige vandløb. Harrestrup Å er det største og når kommunen nord for Slotsherrensvej. Herfra løber åen mod øst på tværs af kommunen. Ved Tårnvej rammer den kommunegrænsen, som den følger sydpå, indtil den forlader kommunen ved Damhusengen og fortsætter mod udløbet i Kalveboderne. Den lille Kagså løber ind i Rødovre Kommune i den sydvestlige del af Kagsmose, hvorfra den fortsætter vestpå til Motorring 3, som den følger indtil udløbet i Harrestrup Å.
