Vesthimmerlands Kommune er rig på vandløb, og da flere af dem blev fredet inden eller i forbindelse med udretningsprojekter, har de ofte bevaret deres slyngede løb med rigkær og væld langs bredderne. Kommunen vedligeholder knap 400 km vandløb, hvoraf de 300 km er mindre vandløb med en bredde på under 1 m. Vandløbskvaliteten er generelt god, og i de store vandløb fanges både hav- og bækørred. Sønderup, Halkær, Simested og Lerkenfeld Åer hører til blandt kommunens største vandløb og rummer trods deres forskellighed hver især store naturværdier.
Der er 1.584 søer på mindst 100 m2 i kommunen, og de dækker tilsammen et areal på 750 ha. Langt de fleste er mindre søer og vandhuller. Kommunen rummer dog også fem større søer, hvoraf den 451 ha store Vilsted Sø er langt den største. Der er stor variation blandt de enkelte søer, som omfatter både meget næringsfattige og meget næringsrige søer. Blandt de nærings-og kalkfattige søer er Navnsø på 19 ha, Sjørup Sø ved Sjørup Gårde på 5 ha og Øjesø på 3 ha de største. I den anden ende af skalaen er Sjørup Sø ved Gatten på 40 ha og Farsø Sø på 4 ha gode eksempler på kommunens naturligt kalkrige søer.
