Museum Sydøstdanmark er det selvejende statsanerkendte kulturhistoriske museum i Køge Kommune med ansvar for kulturhistorie og arkæologi. Museet opstod i 2013 som en fusion af Køge Museum, Næstved Museum og Museerne Vordingborg. Frem til 2013 var Køge Museum det lokale statsanerkendte museum.
Siden 2016 har man kunnet besøge den udgravede Vikingeborg Borgring, der hører under Museum Sydøstdanmark. Desuden kan man opleve Kjøge Mini-By, der viser Køge i 1865 i en skala 1:10, og Køge Maritime Modelbyggerlaug i Gule Hal på Strandpromenaden med store modeller af de skibe, der deltog i slagene i Køge Bugt. Ved Lille Skensved ligger Landbomuseet Lundekrog, mens Sjællands Traktormuseum kan besøges i Herfølge.
Køge Byhistoriske Arkiv flyttede i 2015 sammen med Køge Museum i den gamle købmandsgård. Køge Byhistoriske Arkiv udgør sammen med Skovbo Lokalhistoriske Arkiv, Lokalhistorisk Arkiv for Herfølge-Sædder og Højelse Sognearkiv den selvejende institution Køge Arkiverne. Køge- Fonden blev oprettet i 1936 med det formål at drive arkiverne og bevare bygninger og kulturmiljøer. Desuden findes Lellinge Lokalarkiv.
