Østfyns Museer, der opstod i 2009 som en fusion af Nyborg Museum og Kertemindeegnens Museer, har det kulturhistoriske og arkæologiske ansvar i Kerteminde og Nyborg Kommuner. Nyborg Museumsforening blev stiftet i 1911 med skoleinspektør Ernst Petersen som formand. Han overtalte den kunstinteresserede apoteker i Vester Skerninge, Albert Sibbernsen, som var opvokset i Nyborg, til at restaurere købmandsgården Borgmestergården i Slotsgade i Nyborg, også kaldet Mads Lerches Gård, for her at indrette Nyborg Museum. Efter restaureringen 1914‑18 fik Nationalmuseet bygningen i eje på betingelse af, at den ud over Nyborg Museum også skulle rumme byens første offentlige bibliotek; biblioteket flyttede i 1939 til en til formålet opført bygning. Museumsforeningen fik overdraget Borgmestergården fra Nationalmuseet i 1980.
Ud over Borgmestergården har Nyborg Slot siden 2009 været en del af Østfyns Museer. En del af administrationen holder til i Nyborgs gamle Ting- og Arresthus på Stendamsgade, som ejes af kommunen. Nyborg Lokalhistoriske Arkiv består af de tre lokalhistoriske arkiver i hhv. Nyborg, Ørbæk og Ullerslev. Arkiverne ledes af Nyborg Bibliotek.
