Svendborg Amts Museum blev stiftet i 1908, og i 1913 opnåede museet statsanerkendelse. Kommunen havde allerede i 1912 overdraget museet en ejendom, bygget 1557‑60 af godsejer‑ fruen Anne Hvide til Rødkild. Efter en større renovering af bindingsværkshuset åbnede museet i 1915.
Allerede i 1920’erne var museet blevet for lille til de mange indsamlede genstande. Pladsproblemerne blev løst, da museet, nu under navnet Svendborg og Omegns Museum, i 1974 overtog Svendborgs tidligere fattiggård og arbejdsanstalt. Omtrent samtidig overtog museet ansvaret for arkæologien på Sydfyn, og fra 1983 kom søfarten til at spille en større rolle med overtagelse af det private søfartsmuseum og ‑arkiv, som Frode Holm‑Petersen havde drevet siden 1956 i Troense gamle skole, som han havde købt året forinden. Afdelingen i Troense blev drevet indtil 2007.
Aktiviteterne på Svendborg Museum, som museet nu hed, blev efter årtusindskiftet koncentreret omkring Fattiggården i Svendborg. Her findes Danmarks Forsorgsmuseum, der varetager de socialt udsattes kulturarv, og herfra udgår mange af Svendborg Museums formidlingsaktiviteter i lokalområdet og på nettet. Museumsforeningen har ca. 1.000 medlemmer (2019).
Taasinge Museumslaug har siden 1968 drevet et museum for øens historie i Bregninge. Museet, der etableredes ti år tidligere af malermester Povl Fredholm som Tåsinge Folkemindesamling, drives primært af frivillige. Det fondsejede Danmarks Museum for Lystsejlads åbnede i 1996 på Valdemars Slot. Siden 2016 er museet drevet på Frederiksø i Svendborg.
Der er ti lokalhistoriske arkiver i Svendborg Kommune. Arkiverne har et samvirke, bl.a. om driften af hjemmesiden svendborghistorie.dk.
