Selv om det meste af Brønderslev Kommune er landbrugsland, rummer kommunen også vigtige naturområder som Jyske Ås, Store Vildmose, ådalene, Bolle-Try Enge og kysten ved Asaa. Frem mod kommuneplan 2017 vil de eksisterende naturområder blive undersøgt, hvorefter der skal udformes en plan for en prioriteret indsats for øget biodiversitet og en større sammenhæng mellem eksisterende naturområder.
Levestederne for kommunens planter og dyr skal forbedres, og kommunen vil udarbejde handlingsplaner for særligt vigtige områder. Et eksempel på en sådan handlingsplan er Projekt Engfugle, som Brønderslev Kommune i 2013 igangsatte i samarbejde med Frederikshavn Kommune. Formålet med Projekt Engfugle er at genskabe levesteder for engfugle som engryle, klyde, rødben, vibe, strandskade og stor præstekrave.
Skovarealet er forholdsvis begrænset, og kommunen ønsker derfor at fremme både offentlig og privat skovrejsning, især omkring de større byer. Derudover vil man øge de rekreative muligheder i skovene ved bl.a. at anlægge stier og naturlegepladser, som det er sket i Søheden og Grindsted Plantager.
Som de fleste andre danske kommuner har også Brønderslev Kommune problemer med invasive dyre- og plantearter. Kommunen har især gjort en indsats over for kæmpebjørneklo, som bekæmpes langs de kommunale vandløb og på kommunens egne arealer. Bekæmpelsen foregår ved sprøjtning.
