Jernalderen er den bedst belyste oldtidsperiode i Frederikshavn Kommune. Der er foretaget arkæologiske undersøgelser af mange bopladser, heriblandt de ret omfattende undersøgelser af Volstrup og Øksenhede.
Der er også fundet mange grave, hvoraf de ældste er fladmarksgrave, dvs. grave anlagt i jordoverfladen uden høj. Begravelserne fra førromersk jernalder foregik ved brug af ligbrændingsgrave, mens det ved overgangen til ældre romersk jernalder blev mest almindeligt at begrave ubrændte lig i jordfæstegrave. Gravene var opbygget af store sten eller indeholdt trækonstruktioner som fx sadeltag. Blandt de bevarede gravgaver ses mange lerkar, knive, spænder og smykker, ofte smukt forarbejdede.
I yngre romersk og germansk jernalder vinder ligbrænding frem igen, og gravgaverne bliver færre. Ofte er gravene nu dækket af små gravhøje, der jævnligt er omkranset af runde eller trekantede stensætninger, som fx gravpladserne ved Volstrup, Ris Fattiggård og Donbæk. Sidstnævnte gravplads blev benyttet gennem 800 år i jernalderen, og den har vist sig at rumme mindst 62 høje, hvoraf de største er ældst.
Ofringer i søer og moser knyttede sig endnu hyppigt til den rituelle praksis. Som regel var ofringerne mosepotter, dvs. lerkar, ofte ledsaget af slagteofre. I Torslev Sogn er der fundet moselig i Krogens Mølle Mose og Stidsholt Mose. Sidstnævnte sted blev der fundet et afhugget kvindehoved, der er blevet kulstof 14-dateret til 392-204 f.Kr. I midten af 1800-tallet blev der ved Trinnemose fundet dele af et våbenoffer, der ud over våben også indeholdt hesteudstyr.
Metaldetektorernes øgede udbredelse har betydet, at der siden 1990’erne er fundet mange metalgenstande fra germansk jernalder og vikingetid. Særlig metalrige pladser er Ejstrup, beliggende nær områdets bopladser, og den store gravplads i Volstrupområdet. Endelig må nævnes, at det østlige Vendsyssel er den del af landsdelen, hvor der er fundet mest guld fra jernalderen.