Danmarks tilslutning til De Europæiske Fællesskaber i 1973 medvirkede til omfattende strukturrationaliseringer i landbrug og fiskeri, hvor der i slutningen af perioden var færre bedrifter og fartøjer end tidligere. Samtidig var perioden præget af øget globalisering, som indebar både effektivisering af produktionen og virksomhedslukninger. Der kom dog andre arbejdspladser til kommunen, bl.a. i forbindelse med væksten inden for serviceområdet og udbygningen af velfærdsstaten.
Beskæftigelsesudviklingen var samlet ikke i stand til at følge udviklingen på landsplan, hvor beskæftigelsen i perioden 1976-2006 steg med 16 %, mens der i Frederikshavn Kommune kun var en stigning på knap 4 %, og den erhvervsaktive andel af befolkningen var faldende fra 1971 til 2006. Som i det øvrige land var udviklingen i kommunens erhvervsstruktur i perioden fra 1976 til 2006 præget af en generel omstrukturering af økonomien.
Forskydningen i beskæftigelsen i Frederikshavn Kommune lignede på flere måder den generelle udvikling i Danmark. Andelen af beskæftigede i de primære erhverv, landbrug og fiskeri, faldt med 63,5 % eller 2.410 personer pga. fortsat effektivisering og koncentration med færre og større produktionsenheder. Antallet af landbrugsbedrifter under 50 ha blev halveret fra 1.199 i 1982 til 586 i 1999, mens antallet af store brug på mere end 200 ha i samme periode steg fra 4 til 16, en udvikling der fortsatte i de følgende år. Antallet af fiskerfartøjer hjemmehørende i havnene i Skagen, Strandby, Ålbæk, Frederikshavn og Sæby faldt i perioden fra 1997 til 2006 fra 209 til 139, og tonnagen blev dermed næsten halveret.
Beskæftigelsen i industrien var faldende i perioden, idet den reduceredes med 21,9 % eller 1.488 personer. Inden for transport, bygge- og anlægssektoren var tilbagegangen alene på 7 % i antallet af beskæftigede. Fra 1976 til 2006 steg beskæftigelsen inden for handel, service og de vidensintensive erhverv fra 48,1 % til 64,1 % svarende til en stigning på 38,6 % og ca. 5.400 personer. Stigningen er dog ikke på niveau med udviklingen for hele landet, hvor disse sektorer udgjorde 69,9 % i 2006. Dette skyldtes, at der i årene 1990-2006 var en mindre vækst inden for handel og personlig service (17,2 %) end for hele landet (49,6 %), og at kommunen også er markant underrepræsenteret inden for de vidensintensive erhverv forskning, rådgivning og forretningsservice.
Op gennem 1960’erne og frem til 1990’erne satte Frederikshavn sin lid til udviklingen i lyset af værfternes tykke ordrebøger, den hastigt voksende færgetrafik og de militære investeringer i området. Denne optimisme kom til at præge byplanlægningen, hvor gamle bymiljøer blev fornyet.
De store nybygningsværfter Danyard A/S og Ørskov Stålskibsværft lukkede imidlertid omkring år 2000, og den tyskejede skibsmotorfabrik MAN Diesel i Frederikshavn lukkede delvis i årene efter årtusindskiftet.
Efter værftslukningerne i Frederikshavn herskede i nogle år en vis usikkerhed omkring erhvervsudviklingen, og der blev gjort forsøg med i højere grad at satse på turist- og oplevelsesindustrien under sloganet »Fra værftsby til værtsby«. Frederikshavn Kommune fulgte op med større investeringer i bl.a. sports- og kulturcenteret Arena Nord (opført 2004-05) og Det Musiske Hus (opført 2004). Men hvor turismen lå naturligt for såvel Skagen som Sæby, var det vanskeligt at gøre industri- og trafikbyen Frederikshavn til et turistmål. Krydstogtskibe foretrak at ligge på reden uden for Skagen Havn frem for at lægge til i Frederikshavn.
I stedet gik en omstrukturering af den maritime sektor i gang. Mindre virksomheder med forskellige specialer begyndte, understøttet af paraplyorganisationen Frederikshavn Maritime Erhvervspark (etableret 1999), at arbejde sammen omkring ordreafgivelser. I samme periode var der en ny fremgang for kommunens værftsindustri. I Skagen konsoliderede Karstensens Skibsværft (etableret 1917) sig som et af de få tilbageblevne danske nybygningsværfter, og i Frederikshavn genopstod i 2003 det lukkede Ørskov Stålskibsværft med succes som reparationsværftet Orskov Yard A/S.
I Skagen fortsatte fiskerihavnen sin udvikling, hvilket satte sit stærke præg på byens erhvervsliv. En markant virksomhed var Fiskernes Fiskeindustri (etableret 1959), som med sine fiskemels- og fiskeolieprodukter gjorde sig gældende på verdensmarkedet. I Sæby var der i 2006 kun et enkelt erhvervsfiskerfartøj tilbage, og havnen var i stedet blevet en stor og velbesøgt lystbådehavn. Symptomatisk for Sæbys store landbrugsbagland var to af byens største industrivirksomheder slagteriet Danish Crown A/S og Maskinfabrikken Nordmark A/S (etableret 2002). Af industrivirksomheder kan nævnes Roblon, der startede som tovværksfabrik i 1953, men i dag producerer fibernetprodukter, fiberlys mv., og lysfabrikken Martin, der producerede produkter til den internationale underholdningsindustri. Fabrikken blev solgt til den amerikanske Harman-koncern i 2012 og flyttede fra byen til Ungarn i 2016.
Turisterhvervet fik stigende betydning for kommunen, centreret omkring Skagen, hvor et øget antal anløb af krydstogtskibe gav vækst. De mange sommerhusgæster og turister skabte et pulserende Skagen om sommeren, mens byen resten af året levede et stille liv. Også i Sæby var der en øget turisme.
Ud over de kommunale forvaltninger var det danske forsvar den største offentlige arbejdsplads i kommunen. Flådestation Frederikshavn blev indviet i 1962 og var landets største flådebase som hjemsted for flere af Søværnets enheder, bl.a. 1. Eskadre (inspektionsskibe) og 2. Eskadre (bl.a. støtteskibene Esbern Snare og Absalon).
Søværnets Sergent- og Grundskole og Maritimt Overvågningscenter Nord var andre af forsvarets arbejdspladser i kommunen.
Mere om bebyggelse og erhverv i kommunen
