Esbjerg Kommune rummer 37 sogne i Ribe Stift, hvoraf 17 ligger i Skads Provsti og 20 i Ribe Domprovsti. 82,3 % af indbyggerne er medlemmer af folkekirken, hvilket ligger over landsgennemsnittet på 74,7 % (2019).
I år 1900 opførtes missionshuset Brorsonsminde i Ribe. Huset var primært finansieret af fabrikant A.C. Nissen, der 1881‑1902 ejede cikoriefabrikken Sønderjylland i Ribe. Han virkede generelt for udbredelse af Indre Mission og Luthersk Mission i byen. Da Kirkeby Kro i Farup i 1895 blev omdannet til missionshus, navngav Vilhelm Beck det »Den Omvendte Kro«. Missionshuset fungerer nu som menighedshus.
Salmedigteren Hans Adolph Brorson var stiftsprovst i Ribe fra 1737 og biskop samme sted 1741-64. Redaktør for tidsskriftet Tidehverv fra 1984 Søren Krarup var 1965-2005 sognepræst i Seem og kapellan i Ribe. Ungdomshøjskolen ved Ribe i Vester Vedsted bygger på det grundtvigianske tankegods. Hermed viderefører den de traditioner, som prægede den første efterskole på stedet, der blev grundlagt i 1895.
Med Esbjergs vækst i 1870’erne og frem femdobledes dåbstallet i Jerne Kirke i perioden 1867‑80. Mens det trak ud med at få bygget en ny sognekirke, Vor Frelsers Kirke (indviet 1887), kunne Indre Mission i 1884 indvie et af landets største missionshuse, Bethania, på hjørnet af Kirkegade og Skolegade (udvidet 1894 og 1906, fredet 1983). Indre Mission håbede at styrke folkekirken på bekostning af de mange nye frikirker, som byggede kirker i perioden. I samme retning arbejdede KFUM fra 1884 og KFUK fra 1887, der i 1906 fik opført »Borgen« i Kirkegade 51. Esbjerg KFUM og KFUK flyttede i 1960 til den dengang nyopførte bygning i Kirkegade 70, der fortsat fungerer som aktivitetshus og kontorbygning. Derudover har KFUM og KFUK i Esbjerg 29 ungdomsboliger til udlejning samt det naturskønne Terp Spejdercenter i Bramming.
I Esbjerg Havn lå de indremissionske kuttere samlet ved første bro, der kaldtes missionspieren. De indremissionske fiskere dannede i 1919 indkøbsforeningen Godthåb. Fra 1903 opførtes Sømandshjemmet Gl. Havn, der var i brug indtil ca. 1978, og fra 1921 samledes de på sømandshjemmet Ny Havn (solgt 2010). I 1924 oprettede de deres eget forsikringsselskab, Union, hvor et optagelseskrav var, at båden ikke fiskede om søndagen. Zions Kirke har historisk været de indremissionske fiskeres og sømænds kirke, og Indre Mission har en stor betydning her.
I 2019 er der to aktive missionshuse i kommunen i hhv. Esbjerg og Bramming. Missionshuset Bethania i Esbjerg blev solgt i 2010, og et nyt, IMHuset, blev opført ved Sædden Kirke i 2016. Missionshusene i Gørding og Grimstrup blev solgt i hhv. 2013 og 2017 og Gredstedbro og Jerne i 2018. Indre Mission og dennes søskendebevægelser står bag et stort socialt arbejde inden for og uden for folkekirken i Esbjerg, bl.a. Folkekirkens Hus Esbjerg, Kirkens Korshærs Varmestue, Kvaglund Sogns Menighedspleje, KFUM’s to botilbud Skjoldbo og Stormly samt KFUM’s værested Cafe Finns Paraply og Aflastningstjenesten i Esbjerg oprettet i 1992 af KFUM og KFUK. Kvaglund Kirke har siden ansættelsen af præsten Jens Fischer- Nielsen i 1998 været tilknyttet den folkekirkelige karismatiske bevægelse DanskOase.
Den katolske menighed i Esbjerg blev etableret i 1904, da Sankt Joseph Søstrene ankom til Sankt Josephs Hospital i Nørregade, som stod færdigt i 1905. En katolsk kirke blev indviet i 1924 på hjørnet af Nørregade og Kirkegade og var i brug indtil 1969, hvor Sankt Nikolai Kirke i Kirkegade blev indviet. Kirken, der er tegnet af Johan Otto von Spreckelsen, er opført i gasbeton med en klar kubisk form. Et fritstående klokketårn blev tilføjet i 2020. Den har igennem årene været kirke for en lang række migrantsamfund i kommunen og har faste messer på arabisk, polsk, vietnamesisk og engelsk.
Luthersk Mission fik en opblomstring i Esbjerg i 1970’erne med etableringen af værestedet Arken i 1974, indvielsen af eget missionshus på Stenhuggervej i Sædding i 1976 (tilbygning fra 2005) og oprettelsen af friskolen Markusskolen i 1979 ved siden af missionshuset.
I perioden 1965‑85 blomstrede også det karismatiske frikirkelige miljø i Esbjerg, hvilket førte til, at en række frikirker blev opført. Apostolsk Kirke kunne i 1967 indvie den nyopførte Jakobskirken. Frelsens Hær indviede i 1978 en ny kirkebygning på Skolegade som erstatning for det gamle hus samme sted. I 1985 indviede mormonerne en ny stor kirkebygning på Spangsbjerg Møllevej. Derudover stiftede baptisterne og pinsekirken menigheder i Esbjerg i 1970’erne. Den seneste karismatiske frikirke er Kirkecenter Livets Kilde fra 1993.
Siden ca. år 2000 har mange nye migrantmenigheder knyttet sig til de karismatiske frikirker. Esbjerg Kommune har siden 2003 modtaget en stor gruppe flygtninge fra Myanmar (Burma), hvilket er baggrunden for, at der eksisterer hele tre burmesiske migrantmenigheder, hvoraf to er tilknyttet baptistkirken. I Bramming har en gruppe burmesiske flygtninge i 2008 stiftet den theravada-buddhistiske menighed Den Burmesiske Theravada Buddhistforening Buddha Ramsi, som blev anerkendt som selvstændigt trossamfund i Danmark i 2010.
Fire muslimske trossamfund har etableret sig i Esbjerg Kommune. I 1994 etablerede kommunen en selvstændig muslimsk begravelsesplads på et område af Fovrfeld Gravlund.
Den tyrkiske Esbjerg Anatoliens Moske på Frihedsvej er en ud af 21 menigheder i Danmark under Dansk Tyrkisk Islamisk Stiftelse (Diyanet). Moskéen er anerkendt som trossamfund og har en fastlønnet imam ansat. Irakiske flygtninge stiftede i 1989 en kulturforening, som siden ca. år 2000 har været en shiamuslimsk menighed med egne lokaler i Ådalsparken i Sædding under navnet Irakisk Kulturforening. Der afholdes dog ikke fredagsbøn. Den bosniske moské Dzemat Esbjerg (Bosnisk Djemat) blev stiftet i 1999 og har haft bedelokaler i Rolfsgade siden 2005. Menigheden hører under Det Islamiske Trossamfund af Bosniakker i Danmark. Den somaliske moské Masjid Ukhuwa (Somalisk Folkeoplysningskulturforening) i Fynsgade er stiftet i 1980’erne.
