Helsingør Domprovsti består af ni pastorater og ti sogne. Der er 17 sognepræster og ti menighedsråd. 72,1 % af kommunens indbyggere er medlemmer af folkekirken mod 75,9 % på landsplan (2017).
Sankt Olai Kirke blev Danmarks yngste domkirke i 1961 ved oprettelsen af Helsingør Stift. Ved samme lejlighed blev Helsingør Domprovsti etableret. Af middelalderens tre klostre er Sankt Mariæ Kirke det eneste, der er bevaret.
Indre Mission og Luthersk Mission har tidligere været udbredte i Helsingør. Indre Mission vandt fodfæste i byen omkring år 1900 og har fortsat aktiviteter i missionshuset Bethesda på Trækbanen fra 1902. Luthersk Mission har missionshuse i både Helsingør og Kvistgård. I 1956 oprettede Det Danske Missionsforbund en efterskole i Espergærde, der dog flyttede til Roskilde i 2012.
Grundtvigianismen var især personificeret ved højskoleforstander Peter Manniche, der oprettede den selvejende institution Den Internationale Højskole i 1919. I 1921 købte han en ejendom i Helsingør, hvor højskolen stadig har til huse. Manniche var inspireret af Vennernes Religiøse Samfund (kvækere) og byggede skolen på dets livssyn.
Katolicismen er i dag repræsenteret af Sankt Vincent Kirke, der fungerer som sognekirke for katolikker i Nordsjællands østlige del. Frelsens Hær har lokaler på Strandgade i Helsingør og en genbrugsbutik på Bjergegade. De uniformerede korps har stået stærkt, og både Det Danske Spejderkorps, De Grønne Pigespejdere og FDF har grupper i kommunen. Relevant Kirke (tidligere Helsingør Frikirke) ligger på Gefionsvej og har gudstjenester på både dansk og engelsk.
Der er to muslimske menigheder i kommunen, begge beliggende i Helsingør. Helsingør Islamisk Menighed er en menighed under Dansk Islamisk Trossamfund (godkendt 2017), og Islamisk Kulturcenter er en del af Dansk Tyrkisk Islamisk Stiftelse (Diyanet), som er det største godkendte muslimske trossamfund i Danmark (godkendt 2006).
