Store Økssø har et areal på 33 ha og ligger i Rold Skov syd for Skørping. Den er en såkaldt dystrof sø med næringsfattigt og brunfarvet vand. Farven skyldes sværtnedbrydelige humusstoffer, der tilføres søen fra den omgivende skov og mose. Det brune og sure vand medfører en lav sigtdybde, men er ganske ufarligt.
Søen har kun småtilløb, og der er kun lejlighedsvis afløb fra søen gennem Havemosen i nord til Kovadsbækken. Vandudskiftningen i søen er derfor lille. For at genoprette en højmose blev drængrøfter blokeret, og en stor bevoksning af sitkagran syd og vest for søen fældet i 2005.
Der trænger ikke meget lys ned til bunden i den godt 7 m dybe sø. Bundvegetationen er derfor meget beskeden, men omfatter dog den meget sjældne smal kildemos. Søen har ingen rørsump, men i den sydvestlige ende vokser gul åkande.
Også dyrelivet er ret artsfattigt. Ud over en del vårfluer, guldsmede og slørvinger har søen bestande af aborre og ål. I vinterhalvåret suppleres søens ellers beskedne fugleliv af mindre flokke af hvinænder og troldænder.
Store Økssø indgår i habitatområdet Rold Skov, Lindenborg Ådal og Madum Sø samt i fuglebeskyttelsesområdet Rold Skov.
