Som en lille krumtap strækker Varnæs Hoved sig ud mellem Aabenraa og Als Fjorde. En del af næsset kantes af stejle lerklinter, men især ud mod Varnæs Vig flader kysten ud. Ellers er landskabet et bakket moræneland, som gennemskæres af smeltevandskløfter. Størstedelen af næsset er opdyrket med levende hegn og spredte småskove mellem markerne. Hist og her findes også ferske enge og overdrev, og ud mod vigen er der en smal bræmme af strandeng.
I en dyb kløft ved Naldtang ligger den 11 ha store Skovsø omgivet af op til 30 m høje skrænter. Skovsø var engang en vig ud til Als Fjord, og før udløbet sandede til, blev den benyttet som en naturlig havn, hvor en pælerække med bom beskyttede vigen mod vendernes indtrængen. I dag er søen fersk og kantes flere steder af ellesump.
En smule længere sydpå ligger Varnæs Stormose. Den ca. 40 ha store mose blev afvandet i 1960’erne for siden at blive genoprettet i 1992. I dag består den af en lavvandet sø, som ligger omgivet af enge og en smule mose. Plantelivet er rigt og omfatter bl.a. smalbladet mangeløv, spæd pindsvineknop, engrottehale, mosebunke, sumpevighedsblomst og kærguldkarse. Knopsvane, gråand, lille lappedykker, blishøne og vibe yngler i mosen, og i træktiden lægger flokke af grågæs, pibeænder og krikænder vejen forbi. Varnæs Hoved blev fredet i 1980. Fredningen dækker 477 ha og omfatter bl.a. Skovsø og Varnæs Stormose.
