I Aabenraa Kommune er der 3.210 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 1.022 ha, svarende til 1,1 % af kommunens areal. Med en middelstørrelse på ca. 0,3 ha er størstedelen mindre søer og vandhuller, som især er koncentreret i morænelandskabet i den østlige del af kommunen. Hostrup Sø er kommunens og hele Sønderjyllands største naturlige sø. Andre større søer i kommunen er Søgårdsøerne, Agsø, Kruså Møllesø, Varnæs Skovsø og Vestersø. Dertil kommer en række søer, som er opstået efter grusgravning, fx ved Rødekro, nordvest og nordøst for Uge samt øst for Årtoft Plantage.
Den Jyske Højderyg, som gennemløber kommunen fra nord til syd, ned forbi Aabenraa og videre til Padborg, danner et markant vandskel, som bestemmer retningen af vandløbenes forløb. Således afvander vandløbene på østsiden af højderyggen til Lillebælt, mens de i vest løber den lange vej vestpå til Vadehavet.
I alt har kommunen ca. 1.200 km vandløb, hvoraf ca. 1.100 km er offentlige, og ca. 100 km er private. Ud af de offentlige vandløb er de ca. 880 km åbne, mens ca. 220 km er rørlagte. Gennem tiden er mange af vandløbene blevet reguleret, om end nogle af dem siden har fået deres oprindelige slyngede forløb tilbage. Flere af dem har været udnyttet til vandkraft, bl.a. ved Rundemølle og Laksemølle nær Aabenraa.
