Billund Kommune gennemskæres af en række øst-vest-gående vandløbssystemer, der overvejende afvander kommunen til Ringkøbing Fjord og Vadehavet i vest. De største er Omme Å-, Grindsted Å-, Ansager Å- og Holme Å-systemerne, som udgør hovedparten af kommunens samlede vandløbsstrækning på 380 km.
Omme Å og Holme Å samt strækninger af Ansager Å og Grindsted Å er alle værdifulde, uregulerede vandløb i god økologisk tilstand. Andre vandløbsstrækninger er derimod kraftigt regulerede, ligesom opstemninger ved især dambrug gør det vanskeligt for fisk og smådyr at vandre op og ned i åerne. I de senere år er forholdene dog forbedret, idet der er fjernet en række spærringer, samtidig med at vandløbsstrækninger er genslynget, og gydegrus er blevet udlagt.
Selv om Billund Kommune har 1.334 søer på mindst 100 m2, udgør det samlede søareal blot 255 ha, hvorfor kommunen må betegnes som ret søfattig. Med ca. 30 ha er Grindsted Engsø kommunens største sø. Ellers ligger de få større søer på 4‑7 ha. Det gælder bl.a. Knoldsø, Nørresø og Søndersø, der alle ligger i tilknytning til de store plantager i den sydlige del af kommunen, samt Hjortlund Sø på 6,5 ha, som ligger i et større mose- og hedeområde nordøst for Grindsted.
