Næstved Kommune har over 3.500 søer samt omkring 1.300 km vandløb. De to største søer, Tystrup-Bavelse Søerne, er 755 ha tilsammen. De fleste søer er dog små vandhuller. Nogle af kommunens sårbare arter, fx stor vandsalamander og løvfrø, er tilknyttet disse. Enkelte andre søer skiller sig ud i størrelse: Glumsø Sø (25 ha), Gødstrup Engsø (46 ha), Søgård Sø (9 ha), Ravnstrup Sø (3 ha) og Bjørnebæk Sø (20 ha). Søerne er næringsrige og har et rigt plante- og dyreliv. Gødstrup Engsø og Bjørnebæk Sø er skabt som fladvandede søer, som skal forbedre vandmiljøet. Tystrup Sø og Glumsø Sø er så rene, at man kan bade i dem. Ravnstrup Sø har siden 1983 været ejet af Fugleværnsfonden. Her er der iagttaget 159 fuglearter, og der er fugletårn, fugleskjul og shelter.
De store vandløb Suså, Fladså og Saltø Å er regulerede, men naturgenopretningsprojekter har genskabt dele af de tidligere rige vandløb. Ved Præstø Fjord ligger den lille Brødebæk, som er et rent og uberørt vandløb med mange sjældne vandløbsinsekter. Vandløbet er pga. naturtilstanden udpeget som videnskabeligt referencevandløb. Et vådområdeprojekt ved Saltø Å vil de kommende år skabe et stort nyt naturområde med genslyngede vandløb, enge og søer.