Med 537 søer på mindst 100 m2 er Rudersdal en ret sørig kommune. Tilsammen dækker de 658 ha, hvilket svarer til ca. 9 % af kommunens areal. De største søer er Furesø på 941 ha og Sjælsø på 293 ha. Begge søer må Rudersdal dog dele med nabokommunerne. Af de søer, hvis hele areal ligger inden for kommunegrænsen, er Vejlesø på 16,6 ha, Søllerød Sø på 13,4 ha og Birkerød Sø på 9 ha de største.
Flere af kommunens største søer ligger omkranset af bymæssig bebyggelse. Det gælder bl.a. Birkerød Sø, som oprindelig var en del af et sammenhængende eng- og moseområde, men i dag ligger midt i Birkerød. Også Søllerød Sø og Vejlesø, som via Furesøkanalen er forbundet med Storekalv, er i dag omgivet af boligområder.
Kommunen rummer flere hundrede kilometer vandløb, hvoraf en stor del i dag er rørlagte. Omkring 19 km er offentlige vandløb. Flere af vandløbene er blevet genskabt med naturlige fald og slyngede forløb, ligesom der er etableret gydebanker til ørreder.
