Skive Kommune har 1.561 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 1.165 ha, hvilket svarer til blot 1,7 % af kommunens areal. De største er hedesøen Flyndersø på ca. 420 ha og lagunesøen Sønder Lem Vig på 241 ha. Lagunesøen Kås Sø var oprindelig en lille vig, der blev afskåret fra Limfjorden af en bred strandeng, mens Hjerk Nor er en gammel fjordarm, der i dag er en sø omkranset af ferske enge.
Fra midten af 1800-tallet medførte ønsket om ny landbrugsjord, at flere søer blev afvandet. Siden da er enkelte af dem blevet genoprettet. Det gælder bl.a. Brokholm Sø og Spøttrup Sø, som dukkede op på landkortet igen i hhv. 1999 og 1994. Grynderup Sø nordøst for Glyngøre er den seneste i rækken af genoprettede søer i Skive Kommune. Den genopstod i 2011 som en 150 ha stor sø, omgivet af 260 ha våde enge. Andre søer er stadig tørre. Blandt dem er den tidligere Tastum Sø.
Der findes 109 offentlige, målsatte vandløb i kommunen samt en række, typisk små, private vandløb. Langt de fleste af vandløbene er rettet ud og uddybet for bedre at kunne afvande markerne og dermed skaffe mere dyrkbar landbrugsjord. I 2017 blev en tidligere rørlagt, 1,5 km lang strækning af Lille Ramsing Bæk genåbnet, og kommunen har i 2018 igangsat undersøgelser om restaurering af enkelte andre offentlige vandløb. Det største vandløb i kommunen er Karup Å, som løber gennem kommunen til udløbet i Skive Fjord. I Salling ligger desuden den ca. 13 km lange Hinnerup Å, som udspringer i den genskabte Brokholm Sø, hvorfra åen løber mod nordvest til udløbet i Fur Sund.
