Flyndersø er en ca. 420 ha stor sø mellem Skive og Holstebro. Den ca. 8 km lange sø ligger i en tidligere tunneldal, som også rummer Stubbergård Sø længere mod syd. Tunneldalen overlevede kun, fordi den var fyldt op med dødis, da Nordøstisens smeltevand skyllede ind over området og dannede Hjelm Hede. Søen har en bugtet bred med flere halvøer og indsnævringer, som opdeler den i to bassiner. Heraf når næsten hele det sydlige bassin ned i Holstebro Kommune, mens resten af søen ligger i Skive Kommune mod nord. Søen er forholdsvis lavvandet med en middeldybde på 3,6 m og en størstedybde på 11,2 m.
Selv om Flyndersø kaldes Danmarks største hedesø, er den uklar og næringsbelastet. Det uklare vand skyldes bl.a. tidligere forurening med byspildevand samt fortsatte tilførsler af næringsstoffer fra landbruget. Den lave sigtdybde betyder, at undervandsvegetationen er beskeden, og i søens sydlige bassin dækker vandplanterne under en procent af den samlede søbund. Samtidig er artsrigdommen lille, og kun tornfrøet hornblad, akstusindblad og tre arter af vandaks er stadig forholdsvis almindelige.
Ud over laksefiskene helt og smelt omfatter søens fiskebestand overvejende almindelige arter. Ellers er Flyndersø især kendt for sine fiskeørne og havørne, som begge yngler ved søen. Selv om fiskeørnen er en almindelig trækgæst, er den en meget sjælden ynglefugl. Flyndersø har dog huset et af landets mest stabile ynglepar, som siden 1994 regelmæssigt har fået unger på vingerne. Ved søen findes også to skarvkolonier med omkring 500 reder, og om vinteren kan bl.a. stor skallesluger ses i store flokke på søen.
I hhv. 1934 og 1967 blev hederne og plantagerne omkring Flyndersø fredet. Derudover indgår søen i dag i habitatområdet Hjelm Hede, Flyndersø og Stubbergård Sø samt i fuglebeskyttelsesområdet Flyndersø og Skalle Sø.
