Holstebro Kommune har inddelt sine vigtigste naturområder i A-, B- og C-målsatte områder. De A-målsatte områder rummer de største naturværdier og falder sammen med flere af kommunens Natura 2000-områder. Her har kommunen foretaget en række tiltag, som skal sikre og forbedre områdernes naturindhold. I 2017 blev der fx gennemført et projekt for at genskabe en naturlig hydrologi på strandengene syd for Thorsminde; hederne langs Flyndersø, Skallesø og Stubbergård Sø er blevet slået, afgræsset og ryddet for træopvækst; vandstanden i Skånsø er blevet hævet, og i Husby Sø er der foretaget naturpleje af hensyn til den sjældne vandranke.
For at sikre spredningsmulighederne for dyr og planter har kommunen udpeget flere potentielle økologiske forbindelser. De ligger bl.a. mellem Husby Sø og Felsted Kog og videre langs Storå og Lilleå; gennem Sønder og Nørre Vosborg Heder samt Idom Hede; langs Hellegård Å; mellem sydspidsen af Stubbergård Sø og Karup Å samt mellem Sønder Lem Vig og Havris Hede.
På trods af sit forholdsvis store skovareal har Holstebro Kommune desuden planlagt at øge skovandelen fra de nuværende ca. 18 % til 20‑25 % frem til 2080. En stor del af de kommende skove skal være bynære skove.