Hvor Hjørring ligger i dag, var der periodevis bebyggelse i oldtiden, og på et ukendt tidspunkt blev stedet et knudepunkt, hvor tre veje mødtes. Beliggenheden gav gode muligheder for handel, og bebyggelsen voksede.
I løbet af middelalderen blev Hjørring en central by i Vennebjerg Herred, og ca. 1150 lod kong Svend Grathe slå mønt i byen. I takt med Hjørrings ekspansion voksede behovet for kontrol og styring. Derfor henvendte byens borgere sig til kong Erik Plovpenning for at få udstedt købstadsprivilegier, og d. 31. marts 1243 fik byen sit tidligst kendte privilegium. I 1459 blev privilegierne stadfæstet af Christian 1.
Vendelbo Sysselting havde sæde i byen. I en kort periode havde biskoppen over Vendsyssel og Thy også bopæl i Hjørring, og byen har ikke færre end tre fungerende kirker fra middelalderen: Sankt Olai Kirke, Sankt Hans Kirke og Sankt Catharinæ Kirke. Kirkerne var skudt op omkring knudepunktet, hvor de tre veje mødtes, og er, bortset fra den middelalderlige byplan i bykernen, de eneste fysiske spor efter Hjørrings middelalder.
Hjørring havde også et Knudsgilde, der var en sammenslutning af byens borgere med det formål dels at værne medlemmerne og deres interesser, dels at fungere som samlingspunkt for sociale aktiviteter.
I 1500- og 1600-tallet mistede Hjørring sin tidligere position, bl.a. ophørte byen med at være hjemsted for Vendelbo Sysselting. Efter Clementsfejden i 1534 under ledelse af Skipper Clement måtte byen desuden betale løsesummer og erstatninger, og efter Reformationen blev de velhavende klostre Børglum og Vrejlev, der tidligere havde haft stor betydning for byens økonomi, beslaglagt af Christian 3. Desuden var Hjørring i flere omgange besat af fjendtlige tropper, fx 1627-29 under Kejserkrigen, i 1644 under Torstenssonkrigen og igen 1657-58 under Karl Gustav-krigene. Byen blev hærget af brande i årene 1570, 1647, 1693, 1702, 1793 og 1819. I 1602 var der også pest i byen.
I løbet af 1700-tallet begyndte det igen at gå frem i Hjørring. Fra 1702 holdt Horns og Vennebjerg Herredsting til i byen, i 1778 fik Hjørring sin egen distriktskirurg, og Hjørring Amt blev oprettet med sæde i Hjørring i 1794. Disse tiltag førte folk til byen og skabte omsætning.
Efter landbrugskrisen i 1820’erne kom der også gang i landbruget, og det skabte øget handel i byen, der snart havde både rebslageri, farverier, jernstøberier og et trykkeri. Fremgangen medførte desuden en stigning i befolkningstallet. I 1801 havde Hjørring blot 744 indbyggere, mens befolkningstallet i 1850 var vokset til 1.914. Også vejnettet blev udvidet, hvilket var en forudsætning for den voksende handel. I årene 1845-46 blev landevejen til Løkken anlagt, og 1845-49 kom landevejene til Aalborg og til Frederikshavn.
Hjørrings befolkningstal fortsatte med at vokse, og i 1901 havde byen 7.901 indbyggere, altså mere end en firedobling af befolkningstallet på 50 år. Som følge heraf skød nye bebyggelser op uden om den gamle bykerne. Udbygningen af jernbanenettet gjorde samtidig verden mindre og blev en væsentlig faktor i udviklingen af Hjørrings næringsliv. Ud over Vendsysselbanen mellem Aalborg, Hjørring og Frederikshavn åbnede i 1913 desuden en privatbane til Løkken og Aabybro. I sidste halvdel af 1800-tallet oplevede byen en stigende industrialisering, og nye jernstøberier og maskinfabrikker skød op side om side med spinderier og klædefabrikker. Bryggeriet Vendia blev grundlagt i 1883, og i 1890 og 1891 kom hhv. en tobaksfabrik og et andelssvineslagteri til. Den første telegrafstation blev oprettet i 1857 på initiativ af byens købmænd, og i 1884 blev Hjørring Amts Telefonselskab dannet. I 1896 fik byen et elværk, i 1903 et gasværk og samme år et vandværk ved Fuglsig. Alle disse virksomheder trak folk til Hjørring, og i 1890 blev der anlagt et stort amts- og bysygehus, der i løbet af 1900-tallet blev udvidet i flere omgange. I 1903 fik byen også sit eget gymnasium. Fra 1848 udviklede Hjørring sig til et politisk centrum, og Vendsyssels største dagblad, venstrebladet Vendsyssel Tidende, blev udgivet her fra 1872. Den 27. marts 1945 blev avisens bygninger dog sprængt i luften som schalburgtage af den tyskledede kontrasabotagegruppe Petergruppen. Bygningerne blev senere genopført.
Jernbanen blev udbygget i 1924 med banen Vodskov-Østervrå og i 1925 med strækningen fra Hjørring til Hirtshals. Disse privatbaner havde deres egen banegård (Hjørring Vestbanegård) og blev i 1939 samlet i aktieselskabet Hjørring Privatbaner. I 1942 blev Vestbanegården dog nedlagt, og banerne omlagt til statsbanegården. I disse år åbnede også flere store virksomheder i Hjørring: I 1922 blev kiksefabrikken Oxford (senere Bisca) indviet, i 1924 Mælkekondenseringsfabrikken (senere Nestlé), og i 1969 byggede den engelske tøjfabrikant Lee Cooper en stor fabrik i Hjørring og skabte derved 600 nye arbejdspladser. I 1960 havde byen 17.031 indbyggere, hvilket var mere end en fordobling siden 1901. Op igennem 1900-tallet begyndte mønsteret for detailhandelen dog at ændre sig. Hvor der i 1950’erne var 70-80 købmandsbutikker i Hjørring, var antallet i 1980’erne faldet til under 20.
I 1970 blev Hjørring Amt nedlagt. Hermed ophørte Hjørrings rolle som regionalt centrum. Administrationen blev flyttet til Aalborg, som var hjemsted for det nyoprettede Nordjyllands Amt.
Hjørring og dens forstæder oplevede en større befolkningstilvækst fra 1970 til 1980, hvor befolkningstallet voksede fra ca. 19.500 indbyggere til ca. 23.500 indbyggere. I årtiet før og efter årtusindskiftet stagnerede befolkningstallet. Tilvæksten i boligbyggeri og indbyggertal i 1970’erne skyldtes bl.a., at Hærens Materielkommando i 1971 flyttede fra København til Hjørring. I 1974 begyndte virksomheden Eskofot sin produktion af trykkerimaskiner. Nestlé nedlagde størstedelen af sin produktion i 2002, og i 2004-05 lukkede to af Hjørrings store virksomheder, nemlig kiksefabrikken KelsenBisca (tidligere Oxford) samt slagteriet Danish Crown. Samme år blev der i byen oprettet et stort skattecenter for hele Vendsyssel. Beskæftigelsen inden for administration og service var i betydelig fremgang og omfattede fra 2002 over halvdelen af de erhvervsaktive. I 2007 blev Hjørring hjemsted for den nyoprettede Retten i Hjørring, mens Hjørring Politikreds samme år blev nedlagt ved oprettelsen af Nordjyllands Politi i Aalborg.
