Nordjyllands Kystmuseum er det største og eneste statsanerkendte kulturhistoriske museum i Frederikshavn Kommune. Kystmuseet er en fusion fra 2009 mellem de tidligere Sæby Museum (stiftet 1919), Bangsbo Museum (stiftet 1946) samt Skagen By- og Egnsmuseum (stiftet 1927). Kystmuseet driver også tre lokalhistoriske arkiver, ligesom det har fem primære udstillingssteder. I Skagen fortæller de faste udstillinger om strandinger og redningsvæsen samt fiskeriets store betydning for byens udvikling. Husene i museets frilandsafdeling illustrerer tre perioder i fiskeriets og byens udvikling: den sorte periode (indtil ca. 1875), den gule periode (ca. 1875-1907) og den røde periode (efter 1907). I Skagen by, hvor kun få huse i dag er sorte udskudshuse, vidner det usystematiske sti- og vejnet, der fører til og fra stranden, om en tid, hvor beboelse og fiskeri var tæt knyttet sammen.
Afdelingen på herregården Bangsbo Hovedgård har fokus på marinarkæologi og søfartshistorie og rummer bl.a. middelalderskibet Ellingåskibet. Desuden fortæller Kystmuseet Bangsbo sammen med Kystmuseet Bangsbo Fort syd for Frederikshavn og det privatejede Skagen Bunkermuseum på Grenen om besættelsestiden i Nordjylland. Skagen Bunkermuseum kan fremvise en sanitetsbunker fra 2. Verdenskrig. Kystmuseets afdeling i Sæby, der har til huse i den fredede Konsul Ørums Gård, beretter om købstadens udvikling og turismens kulturhistorie.
