De 20 sogne i Faxe Kommune hører alle under Tryggevælde Provsti i Roskilde Stift. 79,4 % af indbyggerne er medlemmer af folkekirken mod 73,8 % på landsplan (2021). Der er dog store forskelle mellem sognene; således varierer medlemsprocenten fra 52,9 % i Freerslev Sogn til 87,6 % i Øster Egede Sogn.
Indre Mission, som kom til Haslev i slutningen af 1860’erne, var i mere end 100 år afgørende for byen og dens udvikling til uddannelsesby med Haslev Landbrugsskole (1904-70), Haslev Seminarium (1905-2010), Haslev Husholdningsskole (1908-70), Haslev Gymnasium (1914), Haslev udvidede Højskole (1922) og Håndværkerhøjskolen (1922). Sjællands første missionshus blev bygget i Haslev i 1879. Efter en årrække med faldende tilgang blev missionshuset solgt og efterfølgende nedrevet, ligesom lokalafdelingen blev nedlagt i 2019. Der er dog fortsat et aktivt menighedsliv i Haslev Kirke med korsang, strikkeklub, kirkemiddage og Grøn Gudstjeneste.
Der er desuden et stort socialt arbejde i kommunen, bl.a. igennem Kirkens Korshærs Genbrug og Café Paraplyen, begge i Haslev, sidstnævnte drevet af KFUM’s Sociale Arbejde.
Haslev Idrætsefterskole på Bregentvedvej og Sydøstsjællands Idrætsefterskole på Tingvej har begge tilknytning til folkekirken og KFUM/K, mens Druestrup Friskole fra 1886 og Spjellerup Friskole fra 2010 virker på et grundtvig-koldsk værdigrundlag.
I Faxe har frikirkerne Faxe Pinsekirke og Faxe Adventistkirke etableret sig i hhv. 2005 og 1920, mens Syvende Dags Adventisterne har sluttet sig sammen i Haslev Frikirke – FaceOut. Jehovas Vidner har en menighed i Haslev (stiftet 1955) og i Rønnede (stiftet 2014). Den katolsk-apostolske menighed i Haslev blev stiftet i 1860’erne og nedlagt i år 2000.
