Skælskør Yderfjord, Skælskør Inderfjord og Skælskør Nor er af international betydning for trækkende vandfugle som sangsvane, grågås, troldand og blishøne, der raster her. Det 534 ha store vandområde blev i 1942 sammen med et 16 ha landområde natur- og vildtreservat og er i dag et Natura 2000-område.
Oplandet til fjordområdet er hovedsagelig agerland og Skælskør. Langs det meste af kystlinjen ligger et smalt bælte af strandenge, overdrev og et par skovområder. Den ene skov, Skælskør Lystskov, har en høj koncentration af store, gamle bøge- og egetræer med krogede grene og sprækker. På den nordlige side af Skælskør Yderfjord, ved Kobæk og Vasebro, ligger nogle botanisk meget værdifulde strandenge med tangurt, stilket kilebæger, lægekokleare, salturt, vingefrøet hindeknæ og sandkryb. På strandengen ved Kobæk lever grønbroget tudse og spidssnudet frø.
I Skælskør Inderfjord ligger den 2.600 m² store ø Kidholm ud for dæmningen til Borreby Mose. Den ligger 200 m fra land, hvilket betyder, at der ikke kommer rovdyr som fx ræve på øen. Da der også er adgangsforbud i fuglenes yngleperiode fra d. 1. april til d. 15. juli, trives en koloni af sølvmåger og også en del ynglende knopsvaner på øen. Plantelivet består af tætblomstret hindebæger og strandasters, foruden strandmalurt og strandkamille, der typisk vokser på strandvolde, samt strandmælde, der gerne vokser i fugtige, tanggødede arealer.
